生物工程考研的最佳专业选择可以考虑以下几个方向：
生物化学与分子生物学
该专业从微观即分子的角度研究生物现象，探讨生命的本质，研究生物体的分子结构与功能、物质代谢与调节。由于其在分子水平上的深入研究，该专业在科研和实际应用中都有很高的价值。
食品科学与工程
该专业以食品科学和工程科学为基础，研究食品的营养健康、加工贮藏与食品安全卫生。它是连接食品科学与工业工程的重要桥梁，就业前景良好，社会需求大。
微生物细菌学
微生物细菌学近年来受到较多关注，由于国内在该领域的急缺，就业率能够达到100%。
生物医学工程
生物医学工程专业结合了生物学、医学和工程学的知识，研究医疗器械、生物材料和医疗系统的设计与应用，具有广泛的应用前景。
生物信息学
生物信息学利用计算机科学和数学的方法分析生物学数据，研究生物系统的结构和功能，是生物工程领域的一个重要分支，就业前景广阔。
建议
兴趣优先：选择专业时，首先要考虑自己的兴趣和长期职业规划，选择自己感兴趣并且愿意深入研究的方向。
就业前景：了解各个专业的就业前景和发展潜力，选择就业前景好、社会需求大的专业。
学科交叉：考虑学科交叉的可能性，选择能够结合多个学科优势的专业，以增强自己的综合竞争力。
综合考虑以上因素，生物化学与分子生物学、食品科学与工程、微生物细菌学、生物医学工程和生物信息学都是生物工程考研的不错选择。建议根据自己的兴趣和职业规划，选择最适合自己的专业方向。