科员取得硕士研究生学历后，根据《新录用公务员任职定级规定》，其任职定级主要依据以下几点：
定为四级主任科员：
获得硕士学位的研究生，在入职后一般会被任命为四级主任科员，享受副科级工资待遇。同时，他们享有的车补待遇、取暖费及相应的津贴补贴也会高于一级科员。
定级条件：
如果单位没有空缺的四级主任科员职数，那么即使取得了硕士学位，也只能先定级为一级科员，但在工资级别上会定为24级3档，与四级主任科员的待遇是相同的。
试用期内的定级：
对于在试用期内取得硕士研究生学历学位的人员，其任职定级也按照上述规定执行。
其他注意事项：
如果通过函授等非全日制方式取得硕士研究生学历，而没有获得相应的学位证书，那么可能只能定级为一级科员。此外，研究生转正定级时，一般按照个人录用时取得的最高学历来认定。
综上所述，科员取得硕士研究生学历后，通常会被定级为四级主任科员，享受副科级待遇，但具体情况还需根据单位职数空缺情况来确定。建议在职级晋升时，关注单位职数空缺情况，以便及时获得相应的职级晋升。