自动化专业三本考研学校可以考虑以下几所：
兰州理工大学：
位于甘肃省，电气工程及其自动化专业性价比较高，报考成功希望较大。
宁夏大学：
位于宁夏回族自治区，自动化专业也具备一定的性价比。
石河子大学：
位于新疆石河子市，是一所综合性大学，自动化专业也有一定的竞争力。
延边大学：
位于吉林省延边朝鲜族自治州，自动化专业也值得考虑。
西安工业大学：
位于陕西省西安市，自动化专业实力较强。
内蒙古大学：
位于内蒙古自治区，自动化专业也具备一定的优势。
哈尔滨工程大学：
位于黑龙江省哈尔滨市，智能科学与工程学院的仪器科学与技术、电气工程等方向复试线较低，录取希望较大。
深圳大学：
位于广东省深圳市，自动化专业考研相对容易。
北京工商大学：
位于北京市，自动化专业也较为容易。
重庆邮电大学：
位于重庆市，自动化专业考研难度较低。
这些学校都是自动化专业三本考研的不错选择，建议根据自己的兴趣和实际情况进行选择。同时，也可以考虑其他一些有自动化专业的双非大学，如广东工业大学、杭州电子科技大学等。