硕士研究生申请制的缺点主要包括：
阶级固化问题：
申请制可能加剧教育资源的不公平分配，使得顶尖大学的学生更容易获得录取机会，而普通本科背景的学生面临更大挑战。
公平性问题：
导师关系等不透明因素可能导致招生过程中的腐败现象，影响招生过程的公正性。
评价体系不透明：
申请制下，评价体系可能缺乏透明度和公开性，使得外界难以评估招生决策的合理性。
实施难度大：
改变现有的招生模式需要克服诸多实际操作层面的困难，如教育资源分配、教师负担增加等问题。
风险增大：
申请制下，学生只能选择一所志愿学校，增加了考试和录取的风险。
创新能力培养不足：
普通招考制可能导致学生过分注重应试技巧，忽视对知识深入理解和实际应用能力的培养。
这些缺点反映了申请制在硕士研究生招生中可能带来的负面影响，需要在实施前进行充分的评估和准备