在复旦大学和上海交通大学的药化专业中， 两者都有很高的声誉和竞争。以下是一些具体的比较和建议：
考试难度
复旦大学的药化专业考试门数较多，共有五门，题目难度相对较高，竞争激烈。
上海交通大学的药化专业考试只有两门，相对难度较低一些。
专业优势
复旦大学的药化专业没有中药学专业，只有药理学，但分数很高，一般需要上海卷高考理科成绩达到560分以上才能进入。
上海交通大学的药化专业在有机和生化方面较为擅长，题目难度不大，但对考生的综合素质要求较高。
招生名额
复旦大学的药化专业招生名额较多，但竞争激烈，尤其是药化方向。
上海交通大学的药化专业招生名额也较多，相对竞争压力较小一些。
就业前景
药物化学的就业方向包括各类药物研究单位、有机化学研究所、医药生产企业和药政机构等，也可从事高等学校的教学工作。
建议
如果你希望进入竞争较为激烈的顶尖高校，且对药化专业有浓厚兴趣，复旦大学是一个不错的选择。虽然考试难度较大，但其知名度和招生名额较多，有助于提高录取机会。
如果你希望相对降低考试难度，同时希望进入药化专业实力较强的高校，上海交通大学也是一个很好的选择。虽然题目难度较低，但其综合素质要求较高，适合综合素质较好的学生。
综合考虑，如果你追求的是顶尖高校和较高的竞争，复旦大学更为合适；如果你希望在降低考试难度的同时，依然能进入药化专业实力较强的高校，上海交通大学也是一个值得考虑的选择。