制药工程专业的考研方向主要集中在以下几个方面：
药物化学：
该专业是制药工程本科生最多的考研方向之一，尤其是男生，主要培养能在科研与开发生产领域从事药物合成、药物设计和功能基因药物研究的高级专业人才。
化学工程与技术：
该专业拥有化学工程与技术及分析化学、高分子化学与物理、材料物理化学等相近学科，培养具备宽厚的理论基础知识，能够从事过程工业领域的产品研制与开发、装置设计、生产过程控制以及企业经营管理等方面工作的高素质科技人才。
药学：
该专业培养具备药学学科基本理论、基本知识和实验技能，能在药品生产、检验、流通、使用和研究与开发领域从事鉴定、药物设计、一般药物制剂及临床合理用药等方面工作的高级科学技术人才。
中药学：
该专业主要研究中药的药效、药理、制备方法等，培养能在中药生产、研发、管理等领域工作的高级专业人才。
药理学 、 药剂学、 药物分析：
这些专业也是考研的热门方向，分别研究药物的作用机制、药物剂型的设计与制备、药物的质量控制等。
建议
药物化学和 化学工程与技术专业由于其实用性和就业前景较好，考研难度相对较大，但薪资和发展空间也较高，适合对药物研发和生产有浓厚兴趣的男生。
药学和 中药学专业相对较为温和，适合希望从事药物研发、质量控制和管理的学生，尤其是女生。
药理学、 药剂学、 药物分析等专业虽然竞争激烈，但专业前景广阔，适合希望在医药领域深入研究的考生。
根据个人兴趣和职业规划，可以选择以上方向中的一个或多个进行深入研究。同时，建议提前了解目标院校的考研科目和录取情况，以便有针对性地准备。