应用化学专业在考研时 可以算作跨专业。尽管应用化学本身属于工科化学类别，但考研时选择的专业可能与本科所学专业有所不同，因此可以视为跨专业考研。具体来说，应用化学专业考研可以跨考的专业包括学科教学（化学）、心理学、会计学、金融学等。这些专业与化学有一定的关联性，但属于不同的学科领域。
需要注意的是，有些专业如医学等要求专业性较强，不允许跨考。此外，虽然有些观点认为应用化学与学科教学化学属于同一院系，不算跨专业，但这种观点的权威性较低，且实际情况可能因学校和具体专业设置而异。
综上所述，应用化学专业在考研时通常被视为跨专业，具体是否算跨专业还需结合个人选择的考研专业和本科背景来判断。建议在选择考研专业时，仔细考虑自己的兴趣和职业规划，以及目标专业的具体要求。