海德堡大学提供多个学科的研究生专业，以下是一些主要的专业领域及其下属专业：
神学系
科学神学
实用神学
基督教研室
基督教主祭研究室
法学系
法学
外国和国际私法与经济法
法学史
社会经济法
刑事法
财政税
德国与欧洲管理法
医学系
解剖学和细胞生物学
生理学
实验用动物学
生化
医学史
理论医学系（包括医学法、人类遗传学与人类学、病理学、卫生学、免疫学与血清学、医学生物统计学与信息学、工作社会医学等）
普通病理解剖学
外科临床
麻醉学
神经外科
妇科
儿科
矫形外科
神经病学
心理学
心身医学
眼科
皮肤科
放射学
口腔学
后期临床医学系（包括普通医学、眼科、外科、妇科、耳鼻喉科、皮肤科、麻醉学和外科手术医学、医学微生物和卫生学、临床放射学、药物学和毒剂学、儿科临床、临床化学、内科临床、医学临床、医学统计、生物数学与信息处理学、神经病学、矫形外科学、病理学、泌尿外科学和精神健康学等）
哲学历史系
哲学
历史
东欧历史
政治学
艺术史学
东方学与古代学系
东方语言
埃及学
汉学
日本学
古典语文学
早期史学
古代史和考古学
新哲学系
日耳曼学
英国语言文学
罗马学
中世纪和新时代拉丁哲学
斯拉夫语
语言学
口译和笔译
作为外语的德语
经济学系
国际经济和社会统计比较学
社会学史和经济史
其他专业
应用计算机科学
艺术史及博物馆学
亚述学
拜占庭式的考古学和艺术史
化学
中国研究
基督教与文化
古今文学
古典考古学
计算语言学
计算机工程
会议口译和笔译
南亚文化和宗教历史
地球科学
英语研究
地质考古学
地理学
全球历史
物理学
政治学
心理学
社会科学（包括社会学、心理学、政治学等）
这些专业涵盖了神学、法学、医学、哲学、历史、东方学、经济学、计算机科学等多个领域，学生可以根据自己的兴趣和职业规划选择适合的专业进行深入研究。