考研自主命题中， 数学通常被认为是最难的科目，尤其是其中的计算量非常大，对学生的计算能力和时间管理能力提出了很高的要求。此外， 计算机408（包括数据结构、组成原理、操作系统、计算机网络）也被认为是非常难的科目，因为它涵盖了相当于一本书的内容，学习量大且难度高。
对于其他科目， 政治的选择题部分被认为较难，因为考察更加灵活，与复习时做过的题目不太一样。而 英语对于理工科学生来说可能相对较差，尤其是英语一，难度较大。
总体来说，考研自主命题中难度较大的科目包括数学、计算机408、政治（选择题部分）和英语（尤其是英语一）。建议学生在备考时针对这些科目进行重点复习和练习，以提高应试能力。