考研选择微生物方向时，可以考虑以下几个专业方向：
微生物学：
研究微生物的生理学、生态学、分类学和应用等方面。
资源与应用微生物学：
关注微生物资源的开发和应用。
病源微生物学：
研究病原微生物及其相关疾病。
微生物发酵与代谢工程：
研究微生物发酵过程及其在工业中的应用。
生物防治微生物学：
研究利用微生物进行生物防治的方法。
环境微生物学：
研究微生物与环境之间的相互作用。
真菌学：
专注于真菌的研究。
一些知名的大学提供相关课程，例如山东大学、复旦大学、北京大学、中国农业大学、华中农业大学、中山大学、南开大学、清华大学、浙江大学、南京农业大学、西南大学等。
选择考研方向时，建议根据自己的兴趣和职业规划进行选择。同时，了解各个方向的就业前景和发展潜力也是很重要的。