药学工程考研可以选择的学校较多，以下是一些建议的学校：
北京大学
北京协和医学院
中国药科大学
沈阳药科大学
复旦大学
浙江大学
上海交通大学
山东大学
中山大学
四川大学
海军军医大学（第二军医大学）
首都医科大学
哈尔滨医科大学
华东理工大学
苏州大学
中国海洋大学
武汉大学
华中科技大学
中南大学
空军军医大学（第四军医大学）
南开大学
天津医科大学
中国医科大学
吉林大学
南京医科大学
浙江工业大学
安徽医科大学
郑州大学
广东药科大学
西安交通大学
31. 南方医科大学
32. 河北医科大学
33. 辽宁中医药大学
34. 延边大学
35. 黑龙江中医药大学
36. 南京中医药大学
37. 温州医科大学
38. 厦门大学
39. 暨南大学
40. 重庆医科大学
41. 新疆医科大学
42. 天津中医药大学
43. 大连医科大学
44. 南京工业大学
45. 江南大学
这些学校根据不同的评估标准和排名，具有不同的优势。建议根据自己的兴趣、研究方向和地理位置等因素，综合考虑这些学校进行选择。