制药工程专业考研的专业方向包括：
药物化学：
作为药学的一个二级学科，专注于药物合成、药物设计和功能基因药物的研究，培养能在科研、开发、生产领域从事药品监督和管理的高级专业人才。
药学专业：
研究药物的基本理论、处方设计、制备工艺、合理应用等，综合性技术科学，培养能在药品生产、管理、营销、检验监督和研发等领域工作的人才。
中药专业：
涉及中药学的基础理论、基本知识、基本技能，以及中医学、药学等方面的知识和能力，培养能在中药生产、检验、流通、使用和研究与开发领域工作的高级科学技术人才。
微生物与生化药学专业：
研究微生物和生化药物，包括微生物的生长、繁殖、代谢和相互作用，以及生物化学对药物的影响。
药理学：
研究药物与机体间的相互作用规律及其作用机制，包括药效动力学和药代动力学，培养理解药物作用及其作用机制的专业人才。
药剂学：
研究药物制剂的基本理论、处方设计、制备工艺和合理应用，综合性技术科学，培养能在药物制剂的生产、研究、开发等领域工作的人才。
药事管理：
涉及药品的注册、生产、流通、使用等环节的管理，培养能在药品监督管理等领域工作的人才。
发酵工程：
结合生物技术和化学工程，研究利用微生物进行工业生产的过程，培养能在发酵工程领域工作的人才。
化学工程与技术：
涵盖化学工程与技术及分析化学、高分子化学与物理、材料物理化学等学科，培养能在化工生产技术领域工作的高素质科技人才。
建议根据个人兴趣和职业规划选择合适的考研方向。例如，对药物合成和药物设计感兴趣的学生可以选择药物化学专业；对药品生产和管理感兴趣的学生可以选择药学专业或药事管理专业；对中药和天然药物感兴趣的学生可以选择中药专业；对微生物和生化药物感兴趣的学生可以选择微生物与生化药学专业。