制药工程专业的学生在考研时可以选择以下专业：
药物化学：
药物化学是制药工程的核心专业之一，涉及药物的设计、合成和结构优化。这个方向适合对药物研发和合成感兴趣的制药工程学生。
化学工程与技术：
由于制药工程本身是化学、生物学、药学和工程学的交叉学科，因此选择化学工程与技术专业可以让学生更深入地了解药物的生产工艺和工程原理。
药学：
药学是研究药物的科学，包括药物的发现、开发、制剂、质量控制等。制药工程专业的学生转考药学可以继续在这个领域内发展。
中药学：
中药学是研究中药的学科，涉及中药的种植、采集、加工、应用等方面。对于希望在中国传统医药领域发展的学生来说，这是一个很好的选择。
建议
兴趣优先：选择专业时，最重要的是考虑自己的兴趣和职业规划。如果对药物研发和合成有浓厚兴趣，药物化学是一个很好的选择。
学科交叉：由于制药工程本身具有多学科交叉的特点，学生可以根据自己的兴趣选择与化学、生物学或工程学相关的专业，以拓宽知识面和就业前景。
实际应用：考虑未来就业的方向，选择与实际应用紧密相关的专业，可以提高就业竞争力。例如，药物化学和化学工程与技术专业的毕业生在药物研发和生产领域有广泛的就业机会。
学校选择：在考研时，可以结合自己的实际情况和目标学校的特点，选择合适的学校和专业进行报考。
通过以上分析，制药工程专业的学生在考研时有多种选择，可以根据自己的兴趣和职业规划做出决定。