交通工程考研的顶尖院校包括：
东南大学：
东南大学在交通运输工程领域具有较高的学术水平和研究实力，被评为A+院校，考研难度也相对较高。
西南交通大学：
西南交通大学在交通运输领域享有很高的声誉，尤其在铁路和城市轨道交通方面有着深厚的底蕴和学术水平，被评为A+院校，考研难度也位居前列。
北京交通大学：
北京交通大学以铁路交通见长，其交通运输专业也被评为A+等级，具有较高的声誉和实力。
同济大学：
同济大学在交通运输工程方向的研究领先，尤其是在城市轨道交通方面有着显著的优势，被评为A+或A等级（不同排名略有差异），考研难度也相对较高。
北京航空航天大学：
作为一所综合性大学，北京航空航天大学的交通运输工程专业也具有较高的学术水平和研究实力，被评为A等级。
长安大学：
长安大学在公路交通领域的教学和研究都非常出色，是交通运输工程领域的重要高校之一，被评为A等级。
大连海事大学：
大连海事大学在海运方面有着悠久的历史和雄厚的教学研究力量，是交通运输工程领域的重要学府之一，被评为A等级。
中南大学 、 武汉理工大学、 南京航空航天大学、 哈尔滨工业大学、 吉林大学：
这些院校在交通运输工程领域也有一定的研究基础和实力，为考生提供了良好的学习和科研环境，均被评为A等级。
此外，还有一些其他值得推荐的学校：
清华大学：
清华大学虽然未在交通运输工程专业的具体排名中位列顶尖，但作为国内顶级学府，其整体学术实力不容小觑，也是交通工程专业考研的热门选择之一。
华中科技大学、 华南理工大学：
这两所学校在交通工程领域也有一定的学术实力和影响力，考研难度适中。
天津大学、 西安公路交通大学：
这些高校的交通工程专业在全国范围内也享有较高的声誉，是考生的不错选择。
建议考生根据自己的兴趣、学术背景和职业规划，综合考虑各学校的学科优势、师资力量、实习就业情况等因素，选择最适合自己的考研院校。