复旦大学和上海交通大学的考研难度都非常大，两所学校都是985的重点院校，且都属于国内顶尖高校，因此竞争非常激烈。以下是一些具体的比较：
录取分数线
复旦大学的录取分数线通常比上海交通大学高出54分，这使得复旦大学在分数上更难达到。
考试难度
复旦大学的考试难度更大，考试内容更加深奥，因此从考试难度上来说，复旦大学更难考。
专业热门程度
复旦大学的各个专业都非常热门，尤其是金融等专业，报录比通常超过20:1，竞争非常激烈。
复试难度
上海交通大学的复试机试难度很高，但多练习的话，及格很容易。面试则更看重科研能力和开发能力。
建议
如果你有明确的专业兴趣并且希望在上海发展，复旦大学可能是一个更好的选择，因为它的录取分数线更高，且专业热门程度也更高。
如果你对某个专业有浓厚的兴趣，并且希望在一个竞争相对较小的环境中学习，上海交通大学可能更适合你，尤其是它的复试机试难度较高，可以通过大量练习来提高通过率。
总的来说，两所学校的考研难度都非常大，选择哪所学校取决于你的个人情况和专业偏好。