考研的难度不仅取决于学校，还取决于具体的专业和学院。南京和合肥都是中国的重要城市，拥有多所知名高校，因此考研难度都相对较高。以下是一些可能影响考研难度的因素：
学校整体实力
南京大学：南京大学位列首批国家“双一流“世界一流大学A类建设高校、“211工程”、“985工程”，考研难度在全国难考大学榜单里面排到前十位。
合肥工业大学：合肥工业大学是教育部主管的211高校，电气考研难度较大，但整体考研难度相对南京航空航天大学要低一些。
南京航空航天大学：南京航空航天大学在电力电子等专业方面国内领先，考研难度也较大，尤其是与南京理工大学相比。
专业热门程度
电力电子、机械、控制科学与工程等专业由于热门程度较高，竞争通常较大，考研难度相应增加。
其他专业如计算机科学与技术、软件工程等也可能因热门程度不同而有所差异。
招生人数和复试分数线
各校的招生人数和复试分数线也是影响考研难度的重要因素。一些高校可能会因为招生人数较少而提高复试分数线，从而增加考研难度。
地理位置和经济发展
南京和合肥都是经济较为发达的城市，教育资源丰富，因此考研竞争也较为激烈。
建议
选择专业：首先，建议根据自己的兴趣和职业规划选择专业，热门专业通常竞争较大，但也更有利于未来的就业和发展。
了解院校：详细了解目标院校的招生政策、专业设置、复试分数线等信息，以便更准确地评估考研难度。
准备充分：无论是哪个城市的高校，都需要提前准备，加强数学、英语等科目的复习，提高自己的综合素质。
综上所述，南京和合肥的考研难度都较高，具体哪个更难还需结合具体专业和学院的情况来判断。建议考生根据自身情况，选择最适合自己的高校和专业，并进行充分的准备。