制药工程专业考研的专业方向主要包括以下几个方面：
药学专业：
药学专业是制药工程的基础学科，涉及药物的发现、开发、生产和质量控制等方面。
中药专业：
中药专业专注于中药的研制、开发、应用与保护，涉及中药的化学成分、药理作用、制剂工艺等方面。
微生物与生化药学专业：
该专业研究微生物及其代谢产物在药物研发中的应用，包括微生物发酵、生物药物制备等。
药理学：
药理学研究药物与生物体之间的相互作用，包括药物的药效学、药动学和毒理学等方面。
药剂学：
药剂学研究药物的制剂工艺、质量控制、稳定性及生物利用度等方面。
药事管理：
药事管理涉及药品的研发、生产、流通、使用等各个环节的管理与监督。
发酵工程：
发酵工程利用微生物发酵技术进行药品的生产，包括抗生素、酶制剂等的生产。
化学工程与技术：
该专业涉及药品生产过程中的工程技术问题，包括工艺优化、设备设计与制造等。
生物制药技术：
生物制药技术专业侧重于利用生物技术进行药物的研发和生产，包括基因工程、蛋白质工程等。
中药制药技术：
中药制药技术专业专注于中药的制剂工艺、质量控制及新药开发等方面。
生物化学与分子生物学：
该专业研究生物体内的化学组成和生命过程中的化学变化，为药物研发提供理论基础。
微生物学：
微生物学研究微生物及其生命活动规律，应用于药物生产、质量控制及药品监督管理等领域。
这些方向涵盖了制药工程的多个方面，学生可以根据自己的兴趣和职业规划选择合适的专业方向进行深入研究。建议学生在选择考研方向时，结合自身的兴趣和长期发展目标，同时考虑行业需求和就业前景。