发酵工程专业考研通常包括以下科目：
1. 政治：全称为思想政治理论，为全国统考科目。
2. 英语：通常学硕考英语（一），专硕考英语（二），具体取决于报考的学校和学位类型。
3. 数学：根据工学门类中对数学的要求，通常工学门类中对数学要求较高的专业考数学（一），对数学要求低的专业考数学（二）。
4. 专业课：与报考专业相关的课程，通常为各学校自主命题，考试内容各学校也有差异。
发酵工程考研的专业课可能包括以下科目：
微生物学
生物化学
生物物理化学
发酵工艺学
生物反应器工程
生化工艺实验
统计学
食品工程
制药工程
化学工程基础
数学方法
具体考试科目和参考书目，考生应以当年学校公布的招生专业目录为准。
另外，考生可以参考院校的排名和录取情况来选择合适的学校报考。例如，江南大学、华南理工大学、天津科技大学等院校的发酵工程专业在考研中表现较好。