在南京选择考研机构时，可以考虑以下几个因素：
师资力量：
选择有丰富教学经验和专业知识的老师授课的机构。
教学质量：
了解机构的课程设置、教学方法以及过往的教学成果。
课程设置：
选择符合自己学习需求的课程，如全科辅导、公共课或专业课等。
辅导方式：
一对一辅导、小班授课或是线上课程，选择适合自己的辅导方式。
学习氛围：
考察学习环境是否适合学习，是否有良好的学习氛围。
学生口碑：
了解其他学生的评价和反馈，选择口碑好的机构。
机构规模：
选择规模较大、运营稳定的机构，这样的机构往往更有保障。
根据以上因素，以下是一些在南京地区比较靠谱的考研机构推荐：
中公考研：提供全面的考研资讯及复习资料，有个性化辅导服务。
新东方在线：依托新东方集团的师资力量，提供在线学习体验。
卓而越教育：专业的考研全日制集训机构，华东地区领先。
高途教育：纽交所上市公司，采用双师教学模式，有严格的筛选主讲老师。
文都考研：提供多种考研培训课程，包括集训营、复试辅导等。
建议在选择前，亲自去机构进行实地考察，与在读学生交流，了解最新的课程设置和师资力量情况，以便做出最适合自己的选择。同时，也可以参考网上的评价和排名，以及其他考生的经验和建议。