种子科学与工程专业考研的主要方向包括：
作物遗传育种：
这是作物学之下的一个二级学科硕士点，研究作物遗传改良及种子生产的理论、方法与技术的科学。培养目标包括掌握作物学的基础理论和系统的专门知识，了解国内外发展动态，具备实验技能和计算机应用能力，掌握一门外国语，通过论文工作取得新进展，并能胜任教学、科研、推广及管理工作。研究方向涵盖作物种质资源创新、作物育种原理与方法、作物杂种优势机理及利用、作物分子育种及细胞工程、作物基因组学等。
作物栽培学与耕作学：
该专业培养能从事作物生产关键技术问题研究、作物学基础研究、农村资源环境综合研究和农业生产系统分析与耕作制度设计的专业人才。要求具备现代植物生理与生物化学知识，能够开展相关实验的设计和操作能力。
作物学：
这是种子科学与工程专业的考研方向之一，涉及作物生产、育种、栽培、耕作等多个方面。
建议选择这些方向时，结合自己的兴趣和研究方向，以及各个学校的专业特长和导师的研究方向，选择最适合自己的考研方向。同时，考虑到跨专业考研的难度，建议提前准备，充分了解目标专业的课程和要求，以提高考研的成功率。