考研选择合肥还是南京，主要取决于个人的专业兴趣、职业规划以及对于未来工作地点的考虑。以下是几个方面的对比分析：
教育资源与实力
南京：南京拥有多所知名高校，如南京大学、东南大学、南京理工大学等，教育资源丰富，整体教育实力在全国前列。南京的高校在工程、电子、计算机等领域具有较强的竞争力，特别是军工方面。
合肥：合肥同样拥有众多优秀高校，如中国科学技术大学、安徽大学等。合肥工业大学作为211和985工程高校，在车辆、机械、管理等领域具有优势，同时在安徽地区具有很高的认可度。
专业优势
南京：南京理工大学在军工、电子、计算机等方向非常强势，南京航空航天大学的控制学科也被评为B+。
合肥：合肥工业大学在车辆、机械、土木等领域表现突出，尤其是土木工程在全国具有很高的声誉。
就业与地域优势
南京：南京作为长三角经济区的核心城市，经济总量大，人口流动频繁，就业前景广阔。南京的高校毕业生在江浙沪地区具有很高的竞争力。
合肥：合肥虽然在经济总量上不如南京，但作为中部地区的科技中心，近年来发展迅速。合肥工业大学的毕业生在安徽及周边地区的就业前景也很好，尤其是汽车、机械等行业。
生活环境与氛围
南京：南京作为历史文化名城，生活环境优美，城市氛围较为开放和活跃。
合肥：合肥虽然不如南京繁华，但近年来城市建设和生活品质提升很快，生活氛围也越来越好。
建议
如果你对军工、电子、计算机等方向感兴趣，并且希望在未来留在长三角地区发展，南京是一个更好的选择。南京有多所知名高校，专业实力强，就业前景广阔。
如果你对车辆、机械、土木等领域感兴趣，或者希望回到安徽地区发展，合肥工业大学是一个值得考虑的选择。合肥工业大学在这些领域具有明显优势，同时在安徽地区认可度高，就业前景也很好。
综合考虑以上因素，你可以根据自己的兴趣和职业规划，选择更适合自己的城市和学校。