考研自主命题的改卷流程通常如下：
试卷回收：
专业课试卷如果是自主命题的，考生考试结束后会将试卷密封并寄回其报考的学校。
院系组织批改：
收到试卷后，各个院系会组织相关教师进行批改。
评分标准：
在改卷时，教师需要认真阅读试卷，了解题型和答题要求，并遵循既定的评分标准。
公正评分：
教师在评分时要客观公正，不受个人情感和偏见影响，确保评分的准确性。
成绩录入：
改卷完成后，成绩会被录入系统，供考生查询。
需要注意的是，自主命题的专业课试卷与统一命题的专业课和公共课不同，后者通常由各省组织统一批改。