东南大学和北京航空航天大学都是中国顶尖的工科院校，各自在特定领域具有显著优势。以下是它们在考研方面的比较：
学科实力
东南大学：在电子科学与技术、信息与通信工程、建筑学、交通运输工程、生物医学工程等领域具有明显优势。东南大学的自动化专业相对容易考。
北京航空航天大学：在机械制造及其自动化、控制科学与工程、计算机科学与技术等领域具有强大实力。北航的控制学科在第四轮学科评估中被评为A。
地理位置
东南大学：位于江苏省南京市，对于想在江苏就业的学生来说，地理位置较为便利。
北京航空航天大学：位于北京市，地理位置优越，专业实力强，对于希望在北京发展的学生来说更具吸引力。
报考难度
东南大学：有观点认为东南大学的考研难度相对较低，特别是对于本科北航或东南大学的考生。
北京航空航天大学：报考难度较高，尤其是对于非北京地区的学生。
综合排名
东南大学：在全国高校中排名第22名。
北京航空航天大学：在全国高校中排名第23名。
建议
如果你更看重学科实力和就业前景，并且希望在北京发展，北京航空航天大学可能是更好的选择。北航在多个工科领域都有很高的排名和影响力，尤其是控制科学与工程和机械制造及其自动化专业。
如果你更倾向于在江苏就业，或者希望选择相对容易考的专业，东南大学可能更适合你。东南大学的自动化专业相对容易考，且地理位置便利，有利于在江苏地区发展。
最终选择哪所学校，建议结合你的个人兴趣、职业规划以及实际情况进行综合考虑。