选择考研院校时，可以考虑以下几个因素：
专业排名与特色
南理工在电子领域，特别是光电方向可能更强一些。
南航在航空领域有优势，特别是机械专业，且是211院校，性价比高。
地理位置与就业前景
位于江苏南京的南航，在就业方面可能更有优势，特别是与航空、航天相关的领域。
东北大学位于辽宁沈阳，虽然是一所历史悠久的大学，但在南京地区可能不如南航有地域优势。
学校声誉与认可度
东南大学作为985院校，在名气上可能更有优势，企业招聘时也更看重985的头衔。
南航作为211院校，在行业内也有一定的认可度。
个人兴趣与职业规划
如果对航空、航天领域有浓厚兴趣，南航可能更适合。
如果对电子、通信等专业感兴趣，南理工可能更合适。
考研录取难度
南航的机械专业录取难度可能较高，但分学院招生可能增加报考风险。
南理工的招生人数相对集中，风险可能较小。
其他待遇
考虑学校提供的奖学金、实验室资源、导师指导等软性条件。
综合考虑以上因素，如果更看重专业特色与就业前景，南航可能是一个更好的选择。如果更看重学校名气与认可度，以及未来希望在学术界发展，东南大学可能更适合。最终决策应基于个人兴趣、职业规划以及对未来发展的期望。