选择考研院校时，可以考虑以下因素：
学校声誉和学科实力
厦门大学在人文气息、环境等方面享有较高声誉，特别是新闻与传播专业认可度很高。
重庆大学作为工科院校，在水处理等方面有较强实力。
就业和发展
在福建地区，厦门大学作为唯一的985高校，具有很大的地域优势。
如果未来想在西部发展，重庆大学可能会有更多机会，但在东部发展，厦门大学可能更有优势。
考研难度和竞争情况
厦门大学的考研热度高，竞争激烈，适合基础较好的学生。
重庆大学的竞争相对较小，适合基础一般的学生。
具体专业信息
对于马克思主义理论专业，厦门大学的学科实力评估为B，而重庆大学的评估为C。
在建筑学专业，重庆大学作为老八校之一，难度较大，而厦门大学相对容易一些。
结合以上信息，你可以根据自己的兴趣、专业要求、未来职业规划以及个人能力来做出选择。