南科大和北理工大学都是国内知名的学府，各有其优势，因此考研的选择取决于个人的目标和兴趣。以下是它们的一些比较：
学术实力与专业优势
北理工大学：在军工、车辆、计算机等领域具有较强的实力，尤其是工科专业表现突出。
南京科技大学：在生化环材等方向有较强优势，尤其是化学和材料科学。
考研难度
北理工大学：考研难度相对较大，竞争较为激烈，专业课考察较深且题型变化多端。
南京科技大学：相对来说，考研难度较低，有同学在350分的情况下也能成功上岸。
地理位置与就业
北理工大学：位于北京，地理位置优越，有更多的就业机会，尤其是与军工相关的行业。
南京科技大学：位于南京，就业报告显示本科直接就业中有八成都留在了深圳，南方就业市场较为广阔。
综合排名与资源
北理工大学：综合排名较高，有更多的学术资源和合作机会。
南京科技大学：虽然综合排名稍逊于北理工，但其在某些专业领域的实力不容小觑，且就业前景良好。
建议
如果你对军工、车辆、计算机等工科专业有浓厚兴趣，希望在北京或北方发展，北理工大学是更好的选择。
如果你对生化环材等方向感兴趣，希望留在南方，尤其是深圳，南京科技大学可能更适合你。
综合考虑个人兴趣、职业规划以及地理位置等因素，选择最适合自己的学校。
请根据以上信息，结合自己的实际情况和目标，做出最适合自己的选择。