南京的三本考研大学中，有几所是比较好的选择，具体如下：
南京大学金陵学院：
南京大学金陵学院是由南京大学举办的独立学院，属于中国顶尖独立学院之一。南京大学作为国内一流的综合性大学，其金陵学院在考研方面具有很高的声誉和竞争力，尤其是在人文社科类专业和理学专业方面表现突出。
东南大学成贤学院：
东南大学成贤学院是东南大学举办的独立学院，属于中国一流独立学院。东南大学的工科专业非常强，尤其是传统工科类专业如土木工程、建筑学等，成贤学院在这些专业的考研方面也具有一定的优势。
南京航空航天大学金城学院：
南京航空航天大学金城学院是南京航空航天大学举办的独立学院，属于中国高水平独立学院。南京航空航天大学的工科专业，特别是航空、航天、电子等方向，具有很强的实力，金城学院在这些专业的考研方面也表现不错。
南京理工大学紫金学院：
南京理工大学紫金学院是南京理工大学举办的独立学院，属于中国高水平独立学院。南京理工大学作为工信部直属的七所院校之一，其工科类专业的实力非常强，尤其是在兵器科学与技术方面，紫金学院在考研方面也具有一定的竞争力。
南京师范大学中北学院：
南京师范大学中北学院是南京师范大学举办的独立学院，属于中国一流独立学院。南京师范大学在教育领域具有较高的声誉和影响力，其考研热度也较高，尤其是在师范类专业方面。
综合考虑，如果你希望在人文社科类专业和理学专业方面发展，南京大学金陵学院是一个非常好的选择。如果你对工科专业感兴趣，尤其是航空、航天、电子等方向，南京航空航天大学金城学院和南京理工大学紫金学院都是不错的选择。南京师范大学中北学院则适合希望在教育领域发展的学生。
建议根据你的兴趣和专业方向，选择最适合自己的学院进行报考。