福大和南理工都是不错的选择，具体哪个更好考研需要根据个人的兴趣、专业目标、地理位置偏好等因素综合考虑。以下是它们的一些比较：
学科实力
南京理工大学：在某些学科上表现突出，如工科。全国第四轮学科评估结果显示，南京理工大学在电气工程学科上为C，显示出较强的学科实力。
福州大学：整体学科实力相对较强，尤其在数学、物理、化学等基础学科上有较好的表现。
考研难度
南京理工大学：考研难度较大，竞争激烈，尤其是热门专业。南京的地理位置和知名度也使得南理工的报考人数较多。
福州大学：虽然考研难度相对较低，但性价比不错，适合想要相对容易一些考研的学生。
地理位置和就业
南京理工大学：位于江苏南京，地理位置较为优越，就业前景较好，尤其在江浙沪等地区。
福州大学：位于福建福州，虽然地理位置相对不如南京优越，但福建地区的经济发展也提供了不少就业机会。
综合推荐
如果你更看重学科实力和就业前景，且愿意面对较大的考研竞争，南京理工大学是更好的选择。南理工在工科领域的知名度和认可度较高，尤其在江苏及长三角地区的就业市场有较大的优势。
如果你希望在相对宽松的环境下考研，并且对数学、物理等基础学科有浓厚兴趣，福州大学可能更适合你。福大在这些基础学科上有较好的教学实力，且考研难度相对较低。
建议
根据自己的兴趣和专业目标选择学校：如果你对某个特定专业有浓厚兴趣，且该专业在南理工有较强实力，那么南理工是理想的选择。
考虑地理位置和就业前景：南京理工大学的地理位置和就业前景较好，适合希望在大城市发展的学生。福州大学则适合希望相对容易考研且对基础学科有浓厚兴趣的学生。
最终选择哪所学校，建议综合考虑自己的实际情况和目标，做出最适合自己的决定。