考研选择南京还是武汉，主要取决于个人的兴趣、专业偏好、以及职业规划。以下是两座城市在考研方面的对比分析：
高校资源
南京：南京大学、东南大学、南京理工大学、南京航空航天大学、南京师范大学等高校均非常优秀，尤其在理工科和文科方面有着雄厚的实力。
武汉：武汉大学、华中科技大学、华中师范大学、中南财经政法大学等高校同样知名，武汉拥有80多所高校，被誉为“大学之城”。
经济与发展
南京：江苏是中国经济发达地区，南京作为江苏省会，经济实力雄厚，就业前景较好。
武汉：作为中部崛起的中心城市，武汉的经济增长速度迅猛，特别是在高新技术产业方面取得了显著成就。
生活环境与氛围
南京：南京是历史文化名城，拥有紫金山、玄武湖等自然景观，城市环境精致细腻，生活节奏相对较慢。
武汉：武汉是江城，长江与汉江在此交汇，拥有黄鹤楼、东湖等名胜古迹，城市充满活力，生活节奏较快。
考研难度
南京：南京的高校竞争较为激烈，尤其是南京大学等顶尖学府，录取难度较大。
武汉：虽然武汉的高校整体水平较高，但录取难度相对较低一些。
专业优势
南京：南京医科大学等高校在医学领域具有明显优势。
武汉：武汉大学、华中科技大学等在理工科和医学领域都有很高的学术地位。
建议：
如果你对理工科专业特别感兴趣，且希望在南京或武汉就业，南京的高校是一个不错的选择，尤其是南京大学和南京理工大学等顶尖学府。
如果你对医学专业感兴趣，武汉的武汉大学和华中科技大学是更为理想的选择，尽管录取难度较大，但专业实力和就业前景都非常优越。
如果你更看重生活环境和氛围，且不介意稍微高一些的考研难度，南京会是一个更为宜居的选择。
如果你希望离家较近，且希望在中南地区就业，武汉的高校也是一个值得考虑的选项。
综合考虑以上因素，最终的选择应结合个人的实际情况和职业规划。