中科大和北航都是国内顶级高校，且同属C9联盟成员，具有很高的声誉和学术实力。以下是两所学校在考研中的表现和优势：
学科优势
中科大：优势学科集中在基础学科，如数学、物理学、化学、地球物理学、生物学等。中科大在科研能力和学术声誉方面具有较高地位，尤其在理科领域享有很高的声誉。
北航：优势学科主要集中在工科，特别是航天航空领域，如机械工程、机械电子工程、计算机科学与技术、材料科学与工程、人机与环境工程、系统工程、测试计量技术及仪器、航空宇航制造工程、车辆工程、航空宇航推进理论与工程、飞行器设计等。北航在这些专业上具有较强的实力。
录取情况
中科大：在大多数省市的录取分数线要高于北航，显示出其在考生心中的较高地位。
北航：虽然录取分数线略低于中科大，但在北京市等地理位置具有优势，且在一些工科专业上表现优异。
专业设置
中科大：以理工科为主，专业设置较为前沿，特别是在高新技术领域，如信息科学、物理、化学、生物科学等。
北航：以高精尖的工科学科为主，专业设置侧重于航天航空、计算机、材料、机械等领域。
建议
如果你对基础学科和科研能力有较高要求，希望继续深造或出国，中科大可能是更好的选择。中科大在理科领域的声誉和学术实力较强，适合有志于科研和学术发展的学生。
如果你对工科，特别是航天航空领域感兴趣，北航可能更适合你。北航在这些专业上具有明显优势，且就业前景较好。
综合考虑学科优势、录取情况和专业设置，中科大和北航都是非常优秀的考研选择，具体选择还需根据个人兴趣和职业规划来决定。