南京航空航天大学和南京理工大学都是211工程大学，并且都是国家双一流大学，在全国大学排名中位于前50名，专业实力雄厚，就业前景广阔。根据提供的信息，两所大学的考研难度相当，属于211中第一档次，但比一些较弱的985高校如东北大学和大连理工大学要低一些。南航在航空航天领域有显著优势，而南理工在理工科领域有深厚的底蕴。
具体到考研难度，以下是一些关键点：
专业竞争：
南航和南理工的机械类专业学科建设水平相近，考研难度大致相同。
招生名额：
南理工的专硕招生名额较多，而南航的收生人数较少，这可能导致南航的分数要求相对较高。
报考热度：
南理工的报考热度较高，江苏省内很多学生倾向于报考南理工，这可能使得南理工的竞争更为激烈。
复试难度：
南理工的计算专业复试可能相对简单，但计算机学院下的模式与识别专业是南理工的强势专业，竞争可能较大。
个人努力：
无论选择哪所学校，关键在于个人的努力和备考情况。
综上所述，南航和南理工的考研难度相当，但具体哪个学校更好考取决于多种因素，包括专业、年份、招生名额和报考人数等。建议根据自己的兴趣、专业背景和备考情况来选择合适的学校。