考研低分学校的原因可能包括以下几点：
知名度和影响力较低：
相对于国内知名高校，这些自主划线院校的知名度和影响力较低，竞争压力相对较小，因此分数线也相对较低。
考试难度较低：
这些自主划线院校的考试难度相对较低，题目相对简单，因此考生容易获得较高的分数。
地理位置和招生政策：
有些学校因为地理位置或招生政策的原因，导致报考人数较少，录取指标较多，从而出现好学校分数却低的现象。
生源不足：
有些学校如中科院大学，由于既不是985也不是211学校，加之毕业生不能安排在研究所就业，导致生源不足，报考人数较少，录取难度相对较低。
专业侧重点不同：
科研院所侧重专业性，高校注重基础教育，导致考生在选择研究生院校时，更倾向于选择高校而非科研院所，进一步影响了这些学校的考研分数。
综上所述，考研低分学校的原因多种多样，包括学校的知名度和影响力、考试难度、地理位置和招生政策、生源不足以及专业侧重点的不同。考生在选择研究生院校时，可以根据自身情况和目标，综合考虑这些因素。