选择中科院还是清北考研，主要取决于个人的专业兴趣、职业规划以及对于学术和就业环境的偏好。以下是几个方面的对比分析：
学科实力和优势
清华大学：工学老大，实力超群，王牌专业包括经济与金融、工商管理、土木工程、建筑学、电子信息科学类、工程力学、水利水电工程、临床医学等。
北京大学：综合类大学老大，理学、医学、哲学、经济学、文学、历史学都是第一名，法学第二名。王牌专业有经济学类、法学、生物科学等。
中国科学院大学：前身是中科院的研究生院，拥有全国最多的院士资源，培养了我国第一个理学博士、第一个工学博士、第一个女博士、第一个双学位博士。在理学、数学、物理、化学、天文学、地学、生物学以及工学、力学、材料、能源、电子与通信、自动控制、计算机等专业领域具有明显的学科优势。
就业形势和社会声誉
清华大学和 北京大学的毕业文凭在中国境内非常吃香，就业形势好，社会知名度高，尤其是清华大学的毕业生在跨行业就业时具有明显优势。
中国科学院大学虽然整体就业形势也不错，但由于其研究生录取名额较少，竞争压力相对较小，同时研究生需要参与具体的科研项目，实践机会较多。
学术氛围和研究环境
清华大学和 北京大学作为综合性大学，拥有丰富的学术资源和活跃的学术氛围，研究生可以接触到各领域的报告和讲座，有利于发掘自己的天赋点。
中国科学院大学的学术氛围相对严肃，研究生需要严格遵循项目流程，接触的项目专业程度高，且大部分导师一届只带1-3个学生，有利于深入研究。
生活环境和便利性
清华大学和 北京大学的宿舍环境较好，如清华的紫荆公寓和北大的一些宿舍条件较为优越，食堂种类丰富且美味。
中国科学院大学的宿舍和食堂条件因研究所而异，一般强所可以保证较好的住宿条件，但整体校园气氛不如清华北大。
建议
如果你对理工科有浓厚兴趣，希望从事前沿的科学研究，并且希望有较高的社会声誉和就业竞争力，清华大学和北京大学是理想的选择。
如果你对特定领域的研究有浓厚兴趣，希望尽早参与实际科研项目，并且希望有较低的竞争压力和较高的生活补贴，中国科学院大学是一个不错的选择。
综合考虑以上因素，建议根据个人的专业兴趣、职业规划以及生活偏好，做出最适合自己的选择。