考研派遣证在毕业后应放入 档案中。具体处理方式如下：
派遣证和报到证：
派遣证一式两份，一份是派遣证，另一部分是报到证。派遣证在毕业后将放入你的档案，由国家直接打到你的单位或人才市场（如果你没有工作且档案没有存放在单位）。报到证则交由学生自行保管，如果考上研究生，报到证也会直接寄到研究生学校。
档案存放：
如果你的用人单位拥有档案保存资格，那么你的档案就放在单位。如果没有，单位会掏钱将档案放在人才市场类的档案保存处。如果你没有工作，档案就直接打回原籍。
研究生录取后的处理：
考上研究生后，档案会直接寄到你考上的学校，因此派遣证也会随档案一起到达新学校。
特殊情况：
如果你选择将档案放在学校所在省份的人才市场，那么派遣证就不需要回生源地，而是跟档案一起存放在人才市场。
综上所述，考研派遣证在毕业后应放入你的档案中，具体存放方式取决于你的就业情况和档案保存选择。建议你在毕业前确认好档案的存放地点，并将派遣证随档案一起妥善保管。