南京大学的考研难度和南京医科大学的考研难度都相对较高，但具体哪个更难考，存在不同的观点：
南京大学
从专业和认可度讲，南京大学在江苏省内的认可度很高，属于所有人争夺的优质资源。
具体到考研难度，南京大学作为一所顶尖高校，竞争激烈，难度较大。
南京医科大学
南京医科大学在江苏省内的认可度也很高，其学子遍布江苏省的三甲医院。
从考研难度讲，南京医科大学的临床专业较难考，录取难度系数较高。
具体到专业，临床医学、分子生物学与遗传学、生物学与生物化学等专业比较难考。
建议
选择专业：如果考生对某个专业有浓厚的兴趣，并且该专业在南京大学和南京医科大学中都有较好的发展，可以根据自己的兴趣和职业规划来选择。
备考策略：无论选择哪所学校，都需要认真备考，尤其是英语和专业课的复习。南京大学作为综合性大学，对综合素质要求较高；南京医科大学作为医学类重点大学，对医学专业知识和技能要求较高。
信息收集：在备考过程中，及时收集目标学校的考研信息，了解复试分数线、报录比等数据，有助于更好地制定备考计划。
总体来说，南京大学和南京医科大学的考研难度都较大，但具体哪个更难考还需结合个人情况和专业特点来评估。