考研的难度因个人目标和能力而异，因此很难一概而论哪个机构最难。不过，根据一些信息，可以得出以下结论：
中国科学技术大学 ：这所大学坐落于安徽省合肥市，学术氛围浓厚，有“千人一院士”之说，毕业生质量高。考研难度在全国排前十。浙江大学：
浙江大学位于浙江省杭州市，被誉为“东方剑桥”，是“211工程”“985工程”“世界一流大学和一流学科”。考研难度可以排进全国前五。
南京大学：
南京大学位于江苏省南京市，是首批国家“双一流”世界一流大学A类建设高校、“211工程”、“985工程”。考研难度也相当高。
从这些信息来看，如果你追求学术研究和科研，中国科学技术大学的考研难度最高，排在全国前十。浙江大学和南京大学的考研难度也非常高，分别排在全国前五。
建议
如果你有非常明确的目标，并且希望在学术领域有所建树，中国科学技术大学是一个非常好的选择。
如果你希望在综合性大学接受全面的教育，并且有较强的学术能力，浙江大学和南京大学也是值得考虑的。
无论选择哪所大学，都需要付出极大的努力和时间来备考，才能取得理想的成绩。