制药工程考研的方向主要包括：
药学专业：
学习药学的基本理论和知识，适合从事药品生产、检验、流通、使用和研究与开发等领域的工作。
化学工程与技术专业：
结合新能源和生物质能源等特色，培养装置设计和企业经营管理的化学工业领域人才。
中药学专业：
专注于中药学的基本理论和知识，培养中药鉴定、制备和炮制能力。
药物化学专业：
作为药学下的二级学科，培养药品监督和管理的高级专业人才。
微生物与生化药学专业：
研究微生物和生化药物，适合从事相关药品的研发和质量控制。
药理学专业：
研究药物的作用机制和药效学，适合从事药物研究和评价。
药剂学专业：
研究药物的制剂技术，适合从事药品制剂的研发和生产。
药事管理专业：
涉及药品的注册、生产、流通、使用等环节的管理。
发酵工程专业：
利用微生物发酵技术生产药品，适合从事发酵药品的生产和研究。
其他相关专业：
如天然药物化学、药理学、中药药理学、微生物与化工、生物化学、海洋药物、中药制剂、中药分析等。
选择考研方向时，学生应根据自己的兴趣、专业背景以及未来的职业规划来决定。