酶工程考研可以选择的专业主要包括：
微生物学：
微生物学是生物类专业的基础课程，为现代生物技术提供理论与技术基础，包括基因工程、细胞工程、酶工程及发酵工程等领域。
细胞生物学：
研究细胞的结构、功能、生命周期及其相互作用的科学。
生物化学与分子生物学：
研究生物大分子的结构与功能，以及它们在生物过程中的作用。
生物信息学：
利用计算机科学和数学方法分析生物学数据，研究生物系统的结构和功能。
生物化工：
应用化学工程原理和技术于生物学过程，包括酶工程和发酵工程等。
食品科学：
研究食品的组成、加工、储存及其对食品质量与安全的影响。
动物学：
研究动物的结构、功能、分布、演化及其与环境的关系。
神经生物学：
研究神经系统的结构、功能、发展、遗传学、生理学、药理学以及疾病。
发酵工程：
利用微生物发酵技术生产有用的产品，如酶制剂、生物药物等。
生物工程：
研究生物系统的工程应用，包括酶制剂的生产和应用。
基因工程：
研究基因的操作和改造，包括基因的克隆、表达和调控。
细胞工程：
研究细胞的培养和操纵，包括细胞培养、遗传操作和细胞移植。
酶工程：
研究酶的性质、制备、应用和改造，包括酶的稳定性和催化机制。
选择具体的专业时，可以根据自己的兴趣和职业规划来决定。如果你对酶工程有深入的兴趣，并希望将其应用于工业或医药领域，那么生物工程或生物化工可能是较好的选择。如果你对酶在食品或农业中的应用感兴趣，食品科学或农学可能更适合你。
如果你需要更具体的学校推荐，请提供你感兴趣的专业方向，我可以提供一些建议。