制药工程专业是可以考研的，并且有多种专业方向可以选择。以下是一些建议的考研方向和可能报考的学校：
药理学：
研究药物与机体间的相互作用及其作用机制，主要包括药效动力学和药代动力学。毕业生可以在高校、科研机构及企业从事教学、科研及新药开发等工作。
药剂学：
研究药物制剂的基本理论、处方设计、生产工艺、合理应用等。毕业生可以在药品生产、检验、流通、使用等领域从事中药鉴定、设计、制剂及临床合理用药等工作。
中药学：
学习中药学的基本理论和知识，具备中药鉴定、中药制备、中药炮制的基本能力。毕业生可以在中药生产、检验、流通、使用和研究与开发领域工作。
药物化学：
研究药物的合成、设计和功能基因药物，药品监督和管理。毕业生可以在科研与开发生产领域从事药物合成、药物设计和功能基因药物的研究。
化学工程与技术：
培养化学工业领域的装置设计和企业经营管理方面的高素质人才。毕业生可以在相关企业和科研机构从事技术工作。
微生物与生化药学：
研究微生物与生化药物的相关知识，毕业生可以在药品研发和生产领域工作。
药事管理：
涉及药品的注册、生产、流通、使用等环节的管理。毕业生可以在药品监督管理部门等相关机构工作。
此外，还可以报考如北京理工大学、中国科学院大学、南开大学、山西大学、中北大学、辽宁大学、大连理工大学、东北农业大学、苏州大学、南京理工大学、江南大学、江苏大学、南京医科大学等47所学校的研究生。
综上所述，制药工程专业毕业生在考研时有多种选择，可以根据个人的兴趣和职业规划选择合适的专业和学校。建议在选择考研方向时，充分了解各个专业的课程设置、研究方向和就业前景，以便做出最适合自己的选择。