医学考研自主命题的学校包括以下几所：
1. 北京协和医学院
2. 北京大学医学部
3. 华中科技大学同济医学院
4. 兰州大学
5. 武汉大学
6. 南京大学
7. 四川大学
8. 复旦大学
9. 清华大学
10. 中国中医科学院
11. 山东中医药大学
12. 上海中医药大学
13. 北京中医药大学
14. 黑龙江中医药大学
15. 中南民族大学
16. 三峡大学
17. 海军工程大学
18. 湖南农业大学
19. 湖南师范大学
20. 重庆师范大学
21. 江西农业大学
22. 华东理工大学
23. 福建师范大学
24. 福建农林大学
建议您根据自己的兴趣和目标，仔细研究每所学校的自主命题科目和考试要求，以便更有针对性地进行复习和准备。