中科院考研的难度系数为96.08%，这个难度大致等同于中等的985高校。中科院作为国内顶尖的学术研究机构，其研究生招生注重科研能力和学术素养，因此考研题目往往偏向于考查考生的科研潜力和基础知识。不同研究所之间的难度也有差异，一些顶尖的研究所如大连化物所、北京化学所、上海有机所等，难度不亚于C9高校，甚至直逼清北；而一些地处偏远地区的研究所，如兰州化物所，难度可能稍低，但总体水平仍然是985/211高校的水平。
需要注意的是，考研难度也会受到个人实力、专业选择和备考情况的影响。中科院的研究生招生名额较多，总体含金量高，因此对于有意向的考生来说，尽管难度较大，但仍有较多的上岸机会。