对于环境微生物学考研，以下是一些建议的院校，这些建议基于学术声誉、研究实力以及学科基础等因素：
清华大学- 清华大学在微生物学领域具有很高的水平，是中国微生物学的主要培养基地之一。
北京大学- 作为中国顶尖的综合性大学，北京大学在微生物学领域也具有很高的研究水平。
武汉大学- 武汉大学在微生物学领域具有很高的水平，是中国微生物学的主要培养基地之一。
江南大学- 江南大学在微生物发酵方向无人能敌，具有很高的研究水平。
南京农业大学- 南京农业大学在微生物领域具有较深的积累，在研究方面具有一定的优势。
中国农业大学- 中国农业大学在农业微生物学方面具有显著的研究实力。
复旦大学- 复旦大学在微生物生理代谢和遗传等方面具有很高的研究水平。
南开大学- 南开大学在微生物学领域也有一定的研究基础。
中国海洋大学- 中国海洋大学在海洋微生物学方面具有独特的研究优势。
西北农林科技大学- 西北农林科技大学在农业微生物学方面具有显著的研究实力。
选择学校时，建议您根据自己的兴趣、研究方向以及未来的职业规划进行综合考虑。同时，可以关注各学校的考研真题、笔记题库、精品课程等资源，以便更好地准备考试。