考研自命题的影响可以从多个方面进行分析：
提高选拔质量
自命题能够更好地考察学生的专业素养和研究能力，有助于选拔出更优秀的人才。由于各招生单位可以根据自己的学科特点和人才培养目标来设计题目，这使得考试更加贴近实际的教学和研究需求，从而能够更准确地评估学生的潜力和能力。
促进教育公平
自命题使得不同背景的考生都有机会展示自己的特长和潜力，有助于实现教育的公平性。通过自命题，各个招生单位可以更加灵活地设置考试内容，使得考试更加多元化和个性化，从而为更多考生提供展示自己才华的机会。
推动教育改革
自命题的实施也推动了高校的教育改革，促使高校更加注重培养学生的创新能力和实践能力。由于自命题允许各个招生单位根据自己的教学和研究特色来设置考试内容，这使得高校能够更加有针对性地进行教学，从而提高教育质量。
减轻命题单位压力
自命题工作涉及多个环节，包括试题的编制与印刷、试卷的运输与管理、试卷的评阅与存档等，这些工作不仅任务繁重，涉及的人数众多，还存在较高的安全风险。如果在任何一个环节出现问题，都可能导致严重的后果。因此，自命题对于命题单位和教育主管部门来说，无疑是减轻了巨大的压力。
限制考生择校选择权
由于各招生单位考卷不同，自命题初试不利于划定全国初试合格最低线，也不利于调剂招生。例如，有考生一志愿报考赣南师范大学学科教学（语文），但由于赣南师范大学633教育综合是自命题，而许多学校教育综合参加全国统考，如果初试没有考333教育统考，便不能调剂到统考333的学科类专业。这在一定程度上限制了考生的择校选择权，降低了上岸的概率。
考研难度增加
自主命题的学校多数是知名高校，题目相对难些，考试分数可能比较低，在调剂的时候有所影响。此外，随着越来越多的学校和专业加入统考，原有的统考复习内容需要更新和扩展，出题的难度和深度可能会增加，进一步加剧考研的“高考化”现象。
资源浪费和公平性问题
自命题科目涉及数百万份试卷、数百个考点，需要消耗大量人力物力资源，同科目试卷由各招生单位重复命制，造成了资源浪费。同时，由于部分自命题科目缺乏全国统一的考试大纲，各招生单位的试题在难度和考查范围上存在显著差异，甚至出现了“一套试题一个标准”的现象，这给复试、调剂和录取带来了诸多不便。
促进标准化和规范化
从2019年以来，教育部连续6年在《全国硕士研究生招生工作管理规定》中提出“鼓励招生单位选用全国统考科目试卷”的建议。2024年发布的《2025年全国硕士研究生招生工作管理规定》中，则进一步强调“鼓励招生单位优先选用全国统一命题科目试卷”。这表明我国研究生招生考试更加注重标准化和规范化，致力于构建一个公平、公正、公开的考试环境，持续促进高等教育入学机会公平。
综上所述，考研自命题既有积极的一面，如提高选拔质量、促进教育公平和推动教育改革，也带来了一些负面影响，如增加考试难度、资源浪费和公平性问题。未来，随着全国统一考试的兴起，自命题可能会逐渐减少，但其在特定高校和专业中的存在仍具有一定的合理性和必要性。