制药工程基础考研的科目主要包括以下几个方面：
思想政治理论 ：这是所有考研学生的必考科目，主要测试学生的政治理论水平和时事政治的掌握程度。英语：
通常为英语一，部分院校可能提供其他语言选项。英语考试主要测试学生的阅读理解、翻译和写作能力。
数学：
一般考数学二，主要测试学生的数学分析、线性代数等数学知识。
药学基础综合一：
包括分析化学、有机化学、人体解剖生理学等科目。
专业课
制药工程学：
涉及药物的制备过程、工艺设计等知识。
化工原理：涉及化学工程的基本原理和操作，对于制药工程专业至关重要。
生物化学：研究生物体内发生的化学反应，是制药工程的重要基础学科。
药物化学：研究药物的化学性质、合成方法和作用机制。
分子生物学：探讨生物分子的结构与功能，对生物制药方向尤为重要。
药剂学：研究药物的配制理论、生产技术以及合理应用。
药物分析：涉及药物的质量控制和分析方法。
药理学：研究药物与生物体之间的相互作用及其作用机制。
此外，有些学校可能还会设置实验技能考试，主要考察学生的实验操作能力和实验数据分析能力。
具体考试科目可能会因报考学校和专业不同而有所差异，建议考生参考报考学校的相关招生简章以获取最准确的信息。