考研时发现档案丢失，可以按照以下步骤进行处理：
确认档案丢失情况
首先确认档案是否真的丢失，可以通过联系本科院校、工作单位或所在地的人才服务中心进行查询。
查询档案去向
如果档案在毕业院校，可以查看是否未及时转移出去，或已转移给工作单位或所在地的人才服务中心。
补办档案
如果确认档案丢失，需要补办相关档案材料。具体补办流程如下：
准备身份证、毕业证原件及复印件，以及可能需要的遗失证明、学历在线验证报告等材料。
携带证明材料和档案补办申请书回原毕业学校，找辅导员协调补办事宜，因为辅导员能更熟悉流程。
补办材料可能包括录取名册、学籍表、入学登记表、学年鉴定表、成绩单、学位认定申请表、毕业生登记表等。如果有多段学习经历，需要分别去不同阶段学校补办。
补办完成后，确保所有材料都放入档案袋并密封盖章，最后存放到合适的档案管理机构。
联系学校和人才中心
如果档案在毕业院校但未及时转移，可以联系学校申请将其转至户口所在地的人才市场或其他合适的档案管理机构。
如果毕业学校无法转递档案，可以联系户籍地的人才中心，了解接收和激活档案的具体流程和所需材料。
及时调档
在考研成功录取后，需要及时进行调档。录取学校会发调档函，如果档案丢失无法调档，会影响读研。因此，补办完档案后，务必及时与录取学校联系，确认调档事宜。
通过以上步骤，即使档案丢失，也可以顺利完成考研的相关手续。建议尽早处理，以免影响学业进程。