考研联合培养的弊端主要包括以下几个方面：
学位认定问题复杂
学生最终能否获得学位，要取决于联合单位的认定情况，有时候可能会存在一些不确定性。
导师指导不够到位
不少考生反映部分联合培养导师不上心，对学生的指导不够及时和深入，影响学生的研究进度和质量。
归属感弱
联培模式更像员工打卡上班，工作日固定时间出勤，节假日少，人际交流和新环境适应的压力较大。
论文署名争议
由于大部分联培是双导师制，双方导师对于论文署名可能会存在争议，需要提前搞清楚联培期间产出的文章的作者署名、单位归属、毕业论文要求等。
任务繁重
联培项目的科研任务和工作量一般会大于本校，学生可能需要同时打两份工。
费用高昂
研究生联合培养所需要的各种费用都相对较高，包括国内学费、国外学校的注册费用、住宿费用、生活费用等。
手续繁琐
研究生联合培养过程中需要办理的手续相对繁琐，需要申请双学位协议、翻译等，这些流程的复杂性会极大增加研究生的时间和精力成本。
失去本科学习机会
联合培养的学生虽然可以取得本科毕业证，但自始至终没有踏进过本科学校的大门，享受不到本科学校的优秀教学资源和学习氛围。
考研率低
联合培养的学生只能在专科院校备考研究生，无法体会到本科院校独有的良好的备考氛围，也缺少志同道合的研友，影响考研竞争力。
恶意培养单位问题
一些恶意的培养单位仅仅为了达到一定数量而将研究生推向联合培养，却没有给予足够的专业指导和实际参与科研的机会，影响研究质量和学术发展。
时间和精力消耗
由于需要在两个单位之间来回奔波，联合培养的学生会消耗大量的时间和精力，带来巨大的心理压力和困难。
综上所述，考研联合培养虽然有其优势，如报考竞争较小、导师开始联合培养往往认真等，但同时也存在诸多弊端，包括学位认定复杂、导师指导不足、归属感弱、论文署名争议、任务繁重、费用高昂、手续繁琐、失去本科学习机会、考研率低、恶意培养单位问题以及时间和精力消耗等。考生在选择联合培养时，需要全面考虑这些因素，权衡利弊。