考研卷子存档的主要原因包括：
建立学生档案：
接收考研学生的学校需要建立学生的档案，而考研试卷是其中重要的教学文档之一，因此需要存档以便后续查阅和管理。
方便调取：
考研试卷作为重要的教学资料，会一直封存保留，不会销毁，以便在需要时能够方便地调取。
保密要求：
考研试卷属于国家秘密，不能带出考场，且每个考场发出的试卷和草稿纸需要全部收回，以防泄密和承担法律责任。
维护考场纪律和资源回收：
存档试卷还有助于维护考场纪律，防止作弊行为的发生，并且也是资源回收的一种方式。
综上所述，考研卷子存档不仅是为了方便学校管理和学生档案的建立，更是为了保障考试的公平性和保密性。