南京医科大学和徐州医科大学都是江苏省内重点医学院校，具体哪个更好需要根据您的需求来选择。以下是它们的一些比较：
学校层次
南京医科大学：是教育部直属的全国重点大学，也是“211工程”和“985工程优势学科创新平台”重点支持的高校之一。在第四轮学科评估中，公共卫生与预防医学在全国54所参评高校中获评A+等级，临床医学学科进入ESI全球排名前1‰。
徐州医科大学：是江苏省属本科高校，也是“中西部高校基础能力建设工程”重点支持的高校之一。拥有优秀的师资力量和教学设施，但综合排名和省内排名相对较低。
专业优势
南京医科大学：在临床医学、基础医学、公共卫生等学科方面具有明显优势，尤其是麻醉专业在全国排名靠前。
徐州医科大学：麻醉专业也是其强项专业，在全国同类院校中排名靠前，教学科研实力非常强劲。
考研难度
南京医科大学：作为211工程大学，考研竞争较为激烈，尤其是临床医学等专业，复试分数线较高。
徐州医科大学：虽然综合排名不高，但考研难度相对较低，尤其是麻醉专业，一志愿录取率较高。
其他因素
地理位置：南京医科大学位于江苏省会南京，徐州医科大学位于江苏省徐州市，地理位置不同，可能影响个人选择。
就业前景：两所学校在就业方面都有较好的前景，但南京医科大学作为211高校，就业平台可能更广阔。
建议
如果您想攻读麻醉专业，徐州医科大学的麻醉专业全国排名靠前，且考研难度相对较低，是不错的选择。
如果您想攻读其他医学专业，尤其是临床医学，南京医科大学作为211高校，专业实力雄厚，就业前景更好。
综合考虑，如果您追求学校层次和就业前景，南京医科大学更为推荐；如果您对麻醉专业有浓厚兴趣且希望相对容易考取，徐州医科大学也是一个很好的选择。