做药物化学考研笔记的方法如下：
通读全书，建立框架
在开始做笔记之前，首先要通读全书，大致了解本专业的知识体系和重点章节。
然后，自己整理本专业的整个框架，并将重点章节和内容整理成笔记。这个过程不能着急，要慢慢掌握细节和重点，即使花费较长时间也是可以的。
分阶段记笔记
前期：通读全书，建立框架，将所有你认为重点的、难点的部分做以摘抄。这部分一般耗时较久，但是非常重要的基础阶段。
中期：在基本知识掌握好的基础上，根据考纲的要求，结合真题的规律，对知识点做提炼和精简。并且要把每个重要的知识点做充足的延伸，争取覆盖到所有出题的角度和考查的方向。
后期：复习笔记，强化记忆。可以使用思维导图、方格纸等工具帮助整理和记忆，使笔记更加清晰和有条理。
结合考纲和真题
在打基础的过程中，对真题的整理也要齐头并进，了解目标院校考查的重点和出题的方向，并注意知识的转化。考纲发布后，要根据考纲的要求，结合真题的规律，对知识点做提炼和精简。
理论联系实际
除了书本知识，还要关注相关的实事内容，尤其是复试中可能考查的内容。通过结合实事，可以加深对知识的理解和记忆，提高解题能力。
高效精简做笔记
做笔记时，要避免逐字逐句地摘抄，而是要提炼出重点和难点，使笔记简洁明了。这样不仅便于复习，还能提高笔记的利用价值。
使用工具辅助
可以使用手写、活页本、iPad、电脑等工具来做笔记。例如，使用XMind或MindManager等思维导图工具可以帮助你整理出清晰的框架和逻辑关系；使用印象笔记等PDF笔记工具可以方便地扫描和整理电子文档。
通过以上方法，你可以更加高效和有条理地做好药物化学考研的笔记，为备考打下坚实的基础。