南京和合肥都有多所知名大学，每所大学在不同学科和领域都有其优势。对于考研来说，选择哪所大学更好取决于个人的学术目标和兴趣。以下是每所大学的简要介绍和考研难度分析：
南京大学
综合类高校，各科实力强，王牌专业偏向人文社科类专业和理学专业，如中国现当代文学、社会学、理论经济学、法学、历史学、物理学、天文学、数学、地质学、生物学等。工科专业相对较弱，但计算机相关专业较为热门。
复试线相对较低，但工科专业竞争激烈，尤其是热门和王牌专业。
东南大学
985高校，偏工科，传统工科类专业如土木工程、建筑学、交通运输与工程全国领先，学科实力A+。其他专业如仪器科学与工程、控制科学与工程、电子科学与技术、风景园林、城乡规划、管理科学与工程等也非常厉害。
艺术学理论专业非常厉害，适合工科生报考，难度较大。
南京师范大学
考研热度高，主要是由于学校的教育质量和学术声誉。
南京理工大学
工科类大学，工信部直属七所院校之一，以“兵器科学与技术”著称，工科领域实力强。
控制科学与工程在全国排名B+，竞争激烈，适合本科成绩较好或能力较强的学生。
南京工业大学
工科类大学，地理位罝在江苏南京，被称为“兵器科学与技术”。
合肥工业大学
工科类大学，土木工程专业在华东地区有较高声誉，毕业后在安徽地区找工作不成问题。
控制科学与工程在全国排名B-，适合本科成绩一般或能力较强的学生。
建议
如果你对人文社科类专业和理学专业感兴趣，南京大学是一个非常好的选择，尽管工科专业相对较弱，但计算机相关专业仍然热门。
如果你偏好工科，尤其是传统工科类专业，东南大学是一个强有力的选择，其学科实力强，专业水平高。
如果你追求学术声誉和教育质量，南京师范大学是一个不错的选择，考研热度高，说明其受欢迎程度和学术实力。
如果你对兵器科学与技术感兴趣，南京理工大学是理想的选择，控制科学与工程在全国排名较高，竞争激烈。
如果你希望在安徽地区就业，合肥工业大学是一个性价比较高的选择，土木工程专业在华东地区有较高声誉。
综合考虑，选择哪所大学更好取决于你的学术兴趣、专业目标以及个人能力。建议仔细评估自己的优势和兴趣，选择最适合自己的大学。